برخی نمونه‌ها توسط پزشک تهیه می‌شوند. در مورد خلط، نمونه‌ی صبحگاهی توسط بیمار تهیه می‌شود که باید مراقب بود با آب دهان مخلوط نشود.
خلط معمول‌ترین نمونه آزمایش است. در این افراد، خلط بلغمی به صورت مخاطی ضخیم است که از ریه‌ها با کمک سرفه خارج می‌شود. ترجیحاً، سه نمونه اول صبح حاصل از سرفه‌های عمیق در روزهای متوالی در ظروف استریل جداگانه جمع آوری می‌شود تا احتمال تشخیص باکتری افزایش یابد. اگر فردی قادر به تولید خلط نباشد، پزشک ممکن است نمونه‌های تنفسی را با استفاده از فرآیندی به نام برونکوسکوپی جمع‌آوری کند. برونکوسکوپی به پزشک معالج اجازه می‌دهد تا نمونه‌ها را ضمن مشاهده‌ی برونش‌ها و برونشیول‌ها جمع‌آوری کند. هنگامی که بی‌حس‌کننده موضعی روی مجرای تنفسی بیمار اسپری شد، پزشک می‌تواند یک لوله را در برونش‌ها و برونشیول‌های کوچک‌تر وارد کند و مایعات درون مجاری را برای آزمایش آسپیره کند. گاهی اوقات، پزشک معالج مقدار کمی سالین را از طریق لوله داخل برونش‌ها وارد می‌کند و سپس مایع شستشوی برونش را جمع‌آوری می‌کند.
از آنجا که کودکان خردسال نمی‌توانند نمونه خلط مورد نیاز را تهیه کنند، ممکن است مایع حاصل از شستشوی معده و یا آسپیراسیون جمع‌آوری شود. این امر شامل وارد کردن محلول سالین به معده از طریق یک لوله و به دنبال آن جمع آوری مایعات است.
اگر پزشک به وجود سل در خارج از ریه‌ها (خارج ریوی) مشکوک باشد، ممکن است مایعات بدن و بافت‌هایی را که به احتمال زیاد تحت تأثیر قرار گرفته‌اند، آزمایش کند. به عنوان مثال، اگر پزشک مشکوک به سلی باشد که کلیه را آلوده کرده است، ممکن است یک یا چند نمونه ادرار جمع‌آوری شود. ممکن است از سوزن برای جمع‌آوری مایعات از مفاصل یا حفره‌های دیگر بدن مانند پریکارد یا شکم استفاده شود. گاهی اوقات، پزشک ممکن است نمونه‌ای از مایع مغزی نخاعی را جمع‌آوری کند یا یک عمل جراحی جزئی را برای به دست آوردن نمونه برداری (بیوپسی) از بافت انجام دهد.
